Vieles aus der Geschichte der Kirche ist uns heute nicht mehr bekannt. Zum Beispiel das Alter des ersten Kirchbaus in Ebergötzen. Sicher ist aber, dass schon im Mittelalter eine Kirche an diesem Ort stand, die im Laufe der Zeit immer wieder verändert wurde.
Geweiht war die ursprünglich katholische Kirche den beiden Heiligen Cosmas und Damian. Die beiden waren laut Legende Ärzte um das beginnende 4. Jahrhundert herum in der römischen Provinz Cilicien. Aufgrund ihrer christlichen Lebensführung behandelten sie Arme kostenfrei, was sie zu Schutzpratronen für Medizin und Heilkunde machte. Im Jahr 305 sollen sie während der Christenverfolgungen hingerichtet worden sein. Im Namen der Kirche steckt die lateinische Widmung an diese beiden Ärzte: St. Cosmae et Damiani. Übersetzen kann man dies mit "Kirche der Heiligen Cosmas und Damian". Auch die Kirche in Herberhausen trägt diesen Namen. Der 27. September ist laut dem katholischen Heiligenkalender ihr Namenstag, der vor der Reformation auch immer festlich begangen wurde.
1449 werden die Herren von Plesse (bei Bovenden) als Patrone über die Kirchengemeinde erwähnt. Mit dem Patronat verbanden sich Verpflichtungen wie finanzielle Unterstützung bei der Bauunterhaltung. Bis heute bestehen Patronate, in Waake führt dies immer noch die Familie von Wangenheim. Als Patron konnte man zu damaliger Zeit aber auch die Konfession der Gemeinde bestimmen. 1537, also rund zwanzig Jahr nach Luthers Thesenanschlag, führte Dietrich III. von Plesse die Reformation in seinem Gebiet durch. Ebergötzen wurde evangelisch. Die Konkurrenz zwischen katholischen und evangelischen Ländern führte schließlich zum 30-jährigen Krieg von 1618-1648. Ebergötzen wurde in diesem Zeitraum viermal von den Truppen des katholischen Kaisers geplündert. Diese Plünderungen brachten in der Regel viel Zerstörung und Gewalt mit sich. Auch die Kirche sei geplündert worden. Trotz der Not der Krieges wurden aber zwei Legate (testamentarisch festgelegte Gaben) zur Unterstützung der Kirche vergeben, und zwar durch die Amtsmänner von Assel und Artmer. Das Wappen des letzteren ist über dem Altar angebracht.
1745 musste der Turm wegen Baufälligkeit abgerissen werden. 1770 wurde sogar die gesamte Kirche wegen Baufälligkeit geschlossen. Man traf sich notdürftig am Thie in einer Behelfskirche. 1772 wurde die neue Kirche am 1. Advent eingeweiht. Über dem Eingang wurde eine Weihinschrift angebracht: "Wie heilig ist diese Stätte! Hier ist nichts anderes denn Gottes Haus!" Dieses Zitat stammt aus dem Buch Genesis im Alten Testament. Als Jakob, Enkel von Abraham, die Himmelsleiter im Traum erblickt und die Engel darauf hinauf und hinunter fahren sieht, spricht er am nächsten Morgen dieses Wort aus.
Aus der Zeit des Neubaus stammen auch Anstand, Altar und Kanzel. Im Anstand saß die Ebergötzer Prominenz, vor allem die Familie des Amtsmannes, der das Gut Radolfshausen verwaltete.
Der Altar zeigt in der Mitte die Kreuzigungsszene. Maria, die Mutter Jesu, liegt in den Armen der Jüngerinnen. In der Erzählung hatten sich die Jünger auf und davon gemacht, nur die Frauen blieben zurück.
Die Kanzel zeigt fünf Figuren. In der Mitte steht Jesus, erkennbar an der Weltkugel in der Hand. Zu seinen Seiten stehen die vier Evangelisten, also die Schreiber des Neuen Testaments. Matthäus erkennt man am Engel, Markus am Löwen, Lukas am Stier und Johannes am Adler. Der Deckel der Kanzel diente der Lautverstärkung. Wohin die kleine Taube fliegen will, ist nicht ganz klar, vielleicht gen Osten. Die Taube ist aber sicher das Symbol für den Heiligen Geist, der symbolisch der predigenden Person gute Worte einflüstern soll.
Eine Besonderheit am Gebäude war, dass nur der Kirchraum der Kirchengemeinde gehörte - der Turm aber der politischen Gemeinde. Als 1799 endlich eine Orgel angeschafft wurde, musste diese über dem Altar angebracht werden, da der Turm aufgrund der Besitzverhältnisse dafür nicht infrage kam. Die 9-stimmige Orgel war eine Stiftung der Witwe des Ebergötzer Quartiermeisters Engel.
1834 wurde wieder eine umfassende Sanierung nötig, einige Deckenbalken waren durchgefault. Die Kirchengemeinde konnte die finanziellen Mittel nicht aufbringen, die politische Gemeinde wollte nicht. Oberamtshauptmann von Kerssenbrock stellte schließlich die fehlenden Mittel, zum Dank durfte er über dem Anstand sein Familienwappen anbringen lassen.
1849 wurde im Zuge des Zeitgeistes der Friedhof an der Kirche aufgegeben und ein neuer am Ortsausgang angelegt.
1892 wurde eine neue Orgel eingebaut.
